De l'aigle aux lys (de 1605 à 1697) :
Le calme qui semblait revenu avec la Paix de Haguenau (1604) est d'abord troublé par la Guerre de Succession de Juliers (1609-1610), puis la Guerre des Margraves (1610). En 1618, la Défenestration de Prague déclenche un nouveau conflit qui entraîne l'Alsace dans un tourbillon de pillages, de carnages et de désolation : la Guerre de Trente Ans, ou plutôt la « Guerre de Mansfeld » (1621-1622) suivie de la « Guerre des Suédois » (1632-1648). La région, déchirée entre partisans et adversaires des Habsbourg, vit la plus grande catastrophe démographique et économique de son histoire.
Les Traités de Westphalie donnent une partie de l'Alsace au roi de France. La Guerre de Hollande (1672-1678) remet la région à feu et à sang. La Paix de Nimègue (1678) sonne le glas de la Décapole impériale. Progressivement, de nouvelles seigneuries sont incorporées au royaume de France. Assiégé en pleine paix, Strasbourg se rend à son tour en 1681. Avec le Traité de Ryswick (1697), qui met fin à la Guerre de la Ligue d'Augsbourg, presque toute l'Alsace est française.