Marvel Girl, Cyclope, le Fauve, Angel et Iceberg, jadis membres de la première formation des X-Men, se retrouvent pour former Facteur-X. Leur mission consiste à garantir la survie des mutants et à mettre à mal les plans de ceux qui veulent leur extinction.
Lorsque les Avengers retrouvent Jean Grey, la célèbre X-Woman présumée morte, et que les Quatre Fantastiques la ramènent à la vie, les cofondateurs des X-Men (Cyclope, Iceberg, le Fauve et Angel) décident de former Facteur-X, une organisation prétendant traquer les mutants. Les héros parviennent ainsi à débusquer certains des plus dangereux supervilains du monde mutant comme Mystique, le Moule Initial, les Morlocks et le plus puissant de tous, Apocalypse.
Au cours de la seconde moitié des années 80, l'équipe originelle des X-Men, créée plus de vingt ans auparavant par Stan Lee et Jack Kirby, revient dans le feu de l'action sous le nom de Facteur-X. La première série X-Factor compte cent quarante-neuf épisodes et se poursuit presque jusqu' à la fin des années 90.
En 1989, Louise et Walter Simonson mettent un terme à leur duo, avec en point d'orgue le crossover Inferno. Louise continue seule, épaulée par Rob Liefeld et Art Adams, en attendant l'arrivée du nouveau dessinateur attitré Paul Smith.