« Je vais me rendre au coeur d'un empire corrompu pour anéantir mes ennemis. Rome n'a pas été construite en un jour et ne sera pas conquise par un seul assassin. Je suis Ezio Auditore et voici ma confrérie. »
Rome, autrefois glorieuse, est désormais en ruine. La cité n'est plus que souffrance et décadence. Les citoyens vivent dans l'ombre de l'impitoyable famille Borgia. Un seul homme peut libérer le peuple de cette tyrannie : Ezio Auditore, le Maître Assassin.
Mais Ezio va transcender ses limites dans une telle quête. Car Cesare Borgia, un homme aussi dangereux et malfaisant que son père, le pape, n'aura de répit que lorsqu'il aura conquis l'Italie. Et en ces temps troublés, la conspiration et la traîtrise sont partout... y compris au sein des rangs de la Confrérie.