Descartes nous a laissé de sa philosophie l'image d'un arbre mais, paradoxalement, d'un arbre dont les racines sont métaphysiques et qui porte des fruits bien terrestres (médecine, morale, mécanique). Un arbre inversé, car orienté à l'envers - du ciel vers la terre - ; un arbre inversé aussi parce qu'il inverse presque systématiquement les affirmations fondamentales de l'aristotélisme régnant dans les écoles, en tirant sa substance non d'un ordre ontologique immanent au monde, mais de l'homme, de son esprit, de son agir et de ses fins. Aussi l'homme lui-même ne se réduit-il pas à l'ego cogito, dont Descartes fait dériver les premières vérités de la métaphysique ; il est aussi l'homo totus, l'homme entier, totalité irréductible qui assigne à la spéculation scientifique elle-même ses fins et son domaine de certitude. Au terme de cette approche, la philosophie cartésienne apparaît non comme un « système » isolé dans l'histoire de la philosophie, mais bien comme un effort qui, quoique pleinement original, s'inscrit dans les grandes problématiques de la Renaissance.