De teams van het agentschap teams zijn aangevallen. Een onafhankelijke tak van de piraten onder leiding van ene Raylan is erin geslaagd het schip van Commodore Illiatov te infiltreren. Hoewel hun aanval bedoeld was om gegevens te verzamelen over de verloren arken, hebben ze slechts één ding bereikt: het leven beëindigen van een heleboel agenten en in het bijzonder dat van de Commodore zelf. Raylan en zijn manschappen zijn ervandoor en lijken de anderen steeds een stap voor te zijn. Het gevaar wordt groter, het aantal doden neemt toe en Milla’s team realiseert zich misschien niet op tijd dat de vijand die ze tegenover zich hebben de sluwste en geduchtste tegenstander ooit is.
In het eerste deel van de nieuwe verhaallijn cyclus blijft Kolonisatie een modern sci-fi-verhaal met actie, politieke intriges en filosofische reflectie dat zich ontvouwd in weelderige landschappen, verloren in de oneindige ruimte.