Mai 1945. Dans les ruines fumantes de Berlin, Konrad et Andreas Werner, deux orphelins juifs allemands, sont les spectateurs apeurés de la victoire soviétique.
Juin 1956. Les deux frères ont rejoint les rangs de la Stasi pour échapper au camp de rééducation. Ils deviennent les « gardiens de la révolution mondiale ».
Juin 1974. La 10ème coupe du monde de football se tient en Allemagne de l'Ouest durant laquelle doivent s'affronter la RFA et la RDA.
C'est le match de la Guerre froide. Erich Honecker, dirigeant de la RDA, décide d'impliquer les meilleurs agents de la Stasi, dont les frères Werner, pour faire gagner l'équipe de la RDA et prouver la supériorité du régime socialiste sur le monde du capitalisme.
À travers le destin de ces deux frères, Philippe Collin et Sébastien Goethals mettent en scène une fresque européenne des trente années d'après-guerre en Allemagne.
Tirée de faits réels, La Patrie des frères Werner revient sur une époque oubliée et pourtant si proche, une Europe tiraillée par les idéologies.