La question cruciale dominant le traitement du dossier du génocide rwandais est celle de la preuve. L'analyse de l'affaire S.I dans le procès Cyangugu permet de l'observer. Le débat fondamental ne se déroule pas, en effet, autour de la nécessité de sanctionner sévèrement les auteurs de ce drame sur laquelle tout le monde est d'accord, mais plutôt sur le point de savoir qui a perpétré ces crimes abominables unanimement déplorés et réprouvés. Afin que justice passe, il faut que, dans chaque cas, soit faite la démonstration:
Il appartient au procureur de présenter ces démonstrations probantes en les soumettant aux débats contradictoires devant les juges. L'examen de l'espèce S.I. montre malheureusement que le ministère public ne s'est pas acquitté honorablement de ce devoir, probablement parce qu'il n'a pas eu une correcte perception du principe gouvernant la charge de la preuve en matière pénale. Cette vision erronée a entraîné un manque de rigueur dans la recherche des preuves convaincantes. Ce qui a débouché sur un résultat peu satisfaisant, caractérisé par l'insuffisance voire l'absence de preuve de l'existence de certains crimes.