Después de los eventos de Glass Empires y Age of the Third Arcon, Populla's Shadow sigue las hazañas de los campeones del Gran Continente; buscando salvar al mundo de los espíritus de destrucción. El continente está en crisis y nuevas fuerzas están surgiendo para reclamar sus derechos. El Tratado de Molina se rompe y el Tercer Arcon es asesinado. Entonces, el continente entra en un nuevo período de sombra, que traerá destrucción para todos. Celoferania, acompañada de algunos aliados de confianza, se infiltrará en el territorio del Cisne Blanco y se dirigirá a la antigua ciudad montañosa de Molina.