Les sources historiques indiquent que, dès le XIIIe siècle, l'élevage de porcs était important, voire dominant dans les montagnes basques. À une époque où elles étaient abondamment recouvertes de chênes, de hêtres et de châtaigniers, cet élevage semble avoir dépassé tous les autres en nombre de têtes par troupeau.
Les porcs (qui fournissaient alors à Bayonne le jambon et le lard si réputés dans toute l'Europe) étaient envoyés à la glandée entre septembre et novembre selon une pratique qui était encore courante au milieu du XXe siècle.
Au début des années 1980, qualifiée de race « en perdition » quelques années plus tôt, victime du productivisme ambiant, la vieille race de porc basco-béarnaise décrite au XIXe siècle est sur le point de disparaître quand se met en place un plan de sauvegarde élaboré par l'ITP, en partenariat avec l'INRA.
Il trouve rapidement écho auprès de quelques éleveurs de la vallée des Aldudes qui se fixent pour objectif de sauver la race, de contribuer au développement de l'économie locale et de créer un marché pour les produits charcutiers issus de sa filière. En 1997, la reconnaissance officielle de la race porc pie noir du Pays basque par le ministère de l'Agriculture contribue à renforcer la dynamique de développement de cette production locale.
Avec le porc Kintoa (reconnu AOP depuis 2017) et le jambon du Kintoa (un jambon sec issu d'un porc charcutier rustique de race pie noir du Pays basque identifié par une AOC en 2016 et protégé sur tout le territoire européen par une AOP obtenue en juillet 2019), la race est devenue le support d'une filière de charcuterie haut de gamme.