Le jeune narrateur du Singe noir - le singe noir désignant un jouet d'enfant -, journaliste et écrivain moscovite, est envoyé enquêter sur un laboratoire ultrasecret où un professeur « s'occupe » d'enfants meurtriers. « Savez-vous que, dans la Chine antique, certains empereurs confiaient aux enfants le soin de torturer... Car les enfants ne connaissent pas les catégories du bien et du mal. »
Le narrateur est à un moment de sa vie où tout bascule. L'atmosphère à son travail est de plus en plus pesante ; père d'enfants en bas âge, une fille et un garçon, sa vie conjugale est un naufrage ; sa maîtresse, genre obsédée sexuelle, le trompe effrontément ; enfin il tourne autour d'une prostituée qui tapine aux abords de la place des Trois-Gares, quartier de Moscou on ne peut plus mal famé.
On comprend alors qu'il se lance à corps perdu dans cette dangereuse enquête qui le conduit sur les lieux du massacre, perpétré par des jeunes, de tous les habitants d'un immeuble. Une barbarie qui lui rappelle celle des bandes d'enfants, au Moyen Âge, et aujourd'hui, des enfants-soldats d'Afrique.
Mais tout cela est-il bien réel ? Approcher de si près des secrets d'État fait-il perdre la raison ou, pour finir, toute cette histoire n'est-elle que le fruit de l'imagination malade du narrateur ? Reste un trouble profond : si même les enfants que l'on croyait innocents sont habités par le Mal, où va le monde ? « L'enfant est tout », disait Mitia Karamazov, à quoi quelqu'un ajoutait que l'humanité tout entière est comme un enfant qui aurait oublié son enfance. Alors ?