L'attitude de l'Eglise face à l'esclavage fut conditionnée par les Ecritures et la Patrologie. La casuistique dévalorisa par exemple les protestations des penseurs espagnols suscitées par la traite des Noirs vers les Indes. Et au Pérou des XVI et XVIIèmes siècles, l'Eglise assuma le contrôle spirituel de l'esclavage. Le clergé et les ordres religieux devinrent même les plus importants propriétaires d'esclaves.
En fait, si l'Eglise, comme institution, profita de l'esclavage, elle essaya aussi de transformer le système de l'intérieur, en l'humanisant, en élaborant une législation destinée à limiter l'arbitraire des maîtres et l'exploitation abusive des esclaves. Elle facilita très tôt l'accession des esclaves à la liberté et les prépara à une possible insertion sociale, notamment avec les confréries où se forgea la personnalité de l'afro-péruvien qui sut, dans une certaine mesure, tirer parti des structures offertes.
Ces efforts peuvent cependant paraître dérisoires, car l'Eglise ne dénonça pas officiellement la justification religieuse de l'asservissement de l'homme noir. Contradiction qu'il convient de situer dans la mentalité de l'époque et qui est l'objet même de cette étude.