Installés en Sapaudie (Savoie) par Aetius, les Burgondes étendirent leur royaume dans la vallée du Rhône, de la Durance et de la Saône. Leur implantation est attestée par des sépultures peu nombreuses dont les individus présentent des déformations céphaliques, caractéristiques de peuples associés. Bien qu'ariens, les rois sont tolérants et les évêques catholiques jouent un rôle politique réel ; paradoxalement le premier roi catholique, Sigismond, fondateur de Saint-Maurice d'Agaune, critiqué par son épiscopat, perd son royaume et sa vie face aux Francs. Toutefois, le culte de saint Maurice se développe et fait école. Sur le modèle d'Agaune, où le culte de Sigismond se développe, Gontran fonde, en 577, Saint-Marcel à Chalon-sur-Saône. Au VIe siècle, les clercs élaborent un cycle rassemblant les martyrs de Bourgogne : Lyon devient le « centre d'un royaume de Dieu ». Au sein de l'Empire carolingien, l'identité burgonde, qui semblait fragile, résiste à la perte d'autonomie politique. Au IXe siècle, l'héritage de Lothaire II est divisé entre le futur duché de Bourgogne et les royaumes Bosonides de Provence et Rodolphiens de Transjurane, qui fusionnent au Xe siècle, états fondés sur des cultes dynamiques, des monastères réformés et des évêchés puissants.