Le narrateur, venu se réfugier pour écrire sur l'Île Verte, la plus grande île de l'estuaire de la Gironde, y découvre une villa en ruine. Celle-ci a abrité le singulier et tragique destin d'Etienne Ruiz, notable bordelais et balzacien issu d'une lignée de taxi-dermistes ayant fait fortune dans le Port de la Lune.
Invité dans une « tonne » de chasse sur l'île, Étienne découvre dans leur milieu naturel ces oiseaux sauvages qu'il ne connaît que par les livres et son atelier de naturalisation. Fasciné, envoûté, il va quitter le bel immeuble de la rue Saint-Rémi pour s'installer au milieu des vases, des roseaux et des tempêtes de l'Île Verte et se livrer aux « héros véritables de ce livre [qui] ne sont ni Étienne, ni Andrée Ruiz, ni le riche Bernard, ni la pauvre Isabelle morte, mais les oiseaux... ». Dans ce projet insensé, il va entraîner sa famille et son employé, perdre la raison, engloutir sa fortune et préparer le drame final.
Un roman magnifique et magique qui est tout à la fois une étonnante évocation du Bordeaux du XIXe siècle, une plongée dans le monde sauvage et méconnu des îles de l'estuaire et le récit d'une initiation presque mystique. Comme l'écrit Alain Ferrari dans sa préface : « Comment définir L'Île Verte, sinon comme une quête d'un au-delà du visible poursuivie sur un sol où tout (presque tout) est exact ? »