Ce neuvième volume des Registres du Consistoire de Genève (1554) est visiblement plus long que les trois précédents ; ceci s’expliquant par l’intensification des conflits entre, d’un côté, Jean Calvin et le Consistoire, et de l’autre, les Enfants de Genève qui cherchent à limiter l’influence des pasteurs, tous d’origine française.
L’administration de la Sainte Cène reste l’un des points principaux de la contestation, le Consistoire revendiquant le droit exclusif d’accepter ou d’exclure les fidèles du sacrement, tandis que d'autres personnes pensent que l’excommunication relève du Petit Conseil ; cette confusion n’est pas résolue avant l’année suivante. En 1554, Calvin et les représentants genevois se retrouvent aussi en conflit avec Berne où certains pasteurs condamnent comme hérétique la doctrine de la prédestination. C’est aussi en territoire bernois que Jérôme Bolsec, expulsé de Genève pour ses critiques à l’encontre de cette doctrine, continue à attaquer la théologie de Calvin. Le Consistoire poursuit ses mesures contre la danse, les chants profanes, les jeux de hasard et les superstitions, et punit même des couples déjà mariés qui auraient eu des relations sexuelles avant leur mariage. On trouve dans ce volume de nombreux exemples de personnes qui, après s’être converties à la Réforme, retournent dans leur France ou leur Savoie natale et assistent à la messe. Au grand désarroi de Calvin, nombreux sont ceux qui passent sans difficultés du culte réformé au culte catholique, et vice-versa, selon leur lieu de vie.