Longtemps considéré comme «la chambre de l'agriculture», le Sénat a aussi été à l'origine de la création de l'Agence française de sécurité sanitaire ; il avait donc doublement vocation à examiner le dossier de la vache folle et des farines animales qui a provoqué une inquiétude légitime dans l'opinion et profondément affecté tous les maillons de la filière bovine.
Au terme de six mois d'investigations qui lui ont permis de procéder à une soixantaine d'auditions, de visiter six départements directement touchés, ou heureusement épargnés par l'ESB, ainsi que d'effectuer deux déplacements à Bruxelles et à Londres, la commission d'enquête est en mesure d'effectuer le constat suivant :
- née au Royaume-Uni, l'épidémie d'ESB a été exportée sans vergogne en Europe en même temps que les farines anglaises contaminées, la contamination s'étant plus aisément développée du fait d'une véritable inertie bruxelloise ;
- les farines animales n'ont jamais été utilisées qu'à titre subsidiaire par les éleveurs et leur utilisation a résulté de considérations économiques et d'un souci de recyclage fort répandu dans les années 70 ;
- la piste de l'importation illégale de farines anglaises n'a pu être validée par la commission, alors qu'elle pouvait constituer un alibi commode pour dédouaner certains de leurs responsabilités ;
- le rôle des contaminations croisées dans les usines de fabrication d'aliments, lors du transport des farines ainsi que dans les exploitations d'élevage a été très vite observé par les services de contrôle mais il a fallu attendre la fin de l'année 2000 pour interdire les farines et les graisses animales dans l'alimentation de tous les animaux d'élevage ;
- compte tenu des mesures radicales prises au titre du principe de précaution, le risque lié à la consommation de viande bovine française est aujourd'hui voisin de zéro ;
- en matière de sécurité alimentaire, la France, avec l'AFSSA, constitue un modèle en Europe ;
- la politique agricole commune, qui a permis à l'Europe d'accéder à l'autosuffisance alimentaire, doit être maintenue mais sans doute «revisitée» de manière progressive, afin notamment de tenir compte des conséquences de l'affaire de la «vache folle».
Pour éviter le retour de tels dysfonctionnements et parfaire encore la sécurité alimentaire, la commission d'enquête a formulé treize propositions articulées autour de cinq priorités.