1962. Née muette, Elisa Esposito survit tant bien que mal en travaillant comme femme de ménage au Centre Occam de recherche aérospatiale. Un soir, elle surprend le secret le plus précieux du Centre : un homme amphibie arraché à l'Amazone, qui doit être étudié par les scientifiques pour hâter l'issue de la guerre froide. La créature est terrifiante, mais aussi magnifique et fascine Elisa. Utilisant la langue des signes, celle-ci établit une communication. Bientôt, la créature devient sa seule raison de vivre.
Pendant ce temps, Richard Strickland, l'impitoyable militaire qui a capturé la créature en Amazonie, envisage de la disséquer avant que les Russes ne tentent de s'en emparer. Elisa doit tout risquer pour faire évader la créature.