Il va de soi que les mouvements fondamentalistes sont enracinés dans des traditions religieuses. Il faut pourtant chercher ces racines non dans le courant principal de ces religions, mais plutôt dans leurs courants hétérodoxes, en particulier dans les mouvements hétérodoxes utopistes. C'est pourquoi, les mouvements fondamentalistes modernes peuvent être considérés comme le produit d'une transformation historique : de la transformation, sur un mode moderne, d'utopies hétérodoxes qui se sont développées dans quelques civilisations de l'âge axial, et qui ont été aussi, en partie dans les grandes révolutions, à l'origine de la modernité. L'aspect essentiel de cette transformation est l'appropriation par le mouvement fondamentaliste d'un point essentiel du programme de la modernité élaboré au cours de ces révolutions, à savoir le totalitarisme jacobin. C'est la raison pour laquelle, l'analyse des mouvements fondamentalistes doit tenir compte aussi bien du contexte de ces civilisations que de celui du projet culturel et politique de la modernité.