Fondé en 1944 afin de contrer les expériences occultes menées par les nazis puis par les soviétiques, le B.P.R.D. - Bureau de Défense et de Recherches sur le Paranormal - intervient partout dans le monde où le besoin s'en fait sentir.
Hellboy fut l'un des premiers agents à l'intégrer avant de partir vivre des aventures en solo, dont l'issue s'est avérée dramatique...
Les choses semblent aller un peu mieux pour les membres du B.P.R.D. Maintenant qu'ils sont alliés aux militaires, ils disposent des munitions dont ils ont besoin. Leur mission consiste à nettoyer une petite ville, bien éloignée de ce qu'ils ont vécu à New York. Mais les apparences peuvent être trompeuses... Et ils vont devoir faire face à de terrifiants monstres qui s'avèrent bien plus coriaces que ce qu'ils pouvaient imaginer...