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On the basis of gca estimates, the Lincoln was rated as the best general combiner for number of pods per plant, pod weight (g), pod yield (g/plant) and shelling percentage (%), whereas, Azad Pea-1 for TSS (0B), Arka Ajit for pod length (cm), seeds per pod and total phenols (mg/100g) and IC252401 was found to be a good combiner for plant height (cm). Superior cross combinations which recorded high sca estimates are Arka Ajit × IC252401 for plant height (cm), pod weight (g), number of pods per plant and pod yield (g/plant) followed by Azad Pea-1 × IC252401 for pod length (cm) and shelling percentage (%) while, cross Azad Pea-1 × Arka Ajit for seeds per pod and total soluble solids(0B).Combining ability and weighted analysis of generation means suggested the preponderance of additive variance for all traits in F1 and F2 generations except for pod length and number of seeds per pod in F2. Genomic DNA of the parents and individual F2 plants was isolated using CTAB method. Polymorphism survey of the resistant and susceptible parents was done by amplifying their DNA using 30 decamer random primers. Of these, 10 decamer primers produced amplification and only two(OPO-18 and OPC-04) produce