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Outline.- Outline.- Mutations and Alignments.- Stochastic Models of Mutations and Structural Analysis.- Modulus Structure Theory.- Super Pairwise Alignment.- Multiple Sequence Alignment.- Network Structures of Multiple Sequences Induced by Mutation.- Alignment Space.- Protein Configuration Analysis.- Background Information Concerning the Properties of Proteins.- Informational and Statistical Iterative Analysis of Protein Secondary Structure Prediction.- Three-Dimensional Structure Analysis of the Protein Backbone and Side Chains.- Alignment of Primary and Three-Dimensional Structures of Proteins.- Depth Analysis of Protein Spatial Structure.- Analysis of the Morphological Features of Protein Spatial Structure.- Semantic Analysis for Protein Primary Structure.